Муто Казуки, обычный школьник, однажды спасает девушку, которую преследует монстр. В результате Казуки принимает удар на себя и погибает... однако проснувшись он понимает что это был только сон. Но не долго длилось спокойствие Казуки, он опять встречает монстра и понимает, что смерть его была реальна. Затем снова появляется спасённая девочка и объясняет герою, что монстр - это гомункул, созданный алхимией. Кроме всего прочего, в груди Муто Казуки уже бьётся не сердце, а Какугане – алхимическое устройство, лучшее оружие против гомункулов.