Продолжение мультсериала 1987 года. Злобные мышероботы Бакстера Стокмана нападают на девушку Эйприл ОНил. Но в этот момент Черепашки Ниндзя приходят ей на помощь и она становится их подругой. Поизже они знакомятся с Кейси Джонсом - Ночный Мстителем в маске. И вот так Черепашкам Ниндзя и их сэнсэю предстоит победить врагов и идти на встречу приключениям.