Прошло два года после событий, описанных в GiTS Stand Alone Complex 2nd GiG, и Мотоко Кусанаги уже покинула 9-ый отдел, который за это время разросся до команды из 20-ти полевых оперативников во главе с Тогусой. Сотрудники 9 отдела сталкиваются с несколькими странными случаями, которые приводят их к главному подозреваемому, высококлассному хакеру Кукловоду.
Во время расследования пути Бато и Мотоко пересекаются. Она предупреждает его не приближаться к Сообществу Стабильного Государства...