Прошло 4000 лет с тех пор как человечество покинуло планету Земля. У человечества появился серьезный противник - чужая форма жизни под названием Gnosis. На борьбу с ним люди разработали KOS-MOS структуру - боевого андроида с удивительными способностями.
Когда судно, несущее андроида, подверглось нападению, KOS-MOS-структура активизировалась и спасла ее создателя Шион Узуки. Но дальше андроид отказался следовать приказам Шион Узуки и стал следовать своему, неизвестному плану.
После того как корабль перевозивший андроида был поврежден и уничтожен, Шион и ее компаньоны оказываются втянуты в события, связанные с Gnosis, организацией U-TIC, а также с их непосредственным начальством.