Действие разворачивается через десять лет после событий, описанных Эпизоде I - Скрытая угроза. Республика все глубже погружается в пучину противоречий и хаоса. Назревающий конфликт, заранее спланированный могущественными, но пока еще не разоблаченными силами, ведет к началу Клонических войн и к закату Республики. Чтобы противостоять принимающей угрожающие размеры угрозе, Верховный канцлер Палпатин добивается консолидации власти в Республике в своих руках и отдает приказ о создании республиканской армии для поддержки противостоящих превосходящим силам противника джедаям. На фоне этих событий судьба снова сводит вместе наших знакомых героев Оби-Вана Кеноби (Эван МакГрегор), Падме Амидалу (Натали Портман) и Энакина Скайуокера (Хэйден Кристенсен), которые не виделись со времен конфликта между Торговой Федерацией и Набу, родной планеты Падме. Энакин под руководством Кеноби окончил предварительный курс подготовки и стал полноценным учеником джедая. Оби-Ван в свою очередь перешел из разряда джедаев-учеников в разряд джедаев-наставников. А Падме, бывшая королева Набу, стала высокопоставленным сенатором. После целого ряда покушений на жизнь Падме Совет джедаев поручает ее защиту Оби-Вану и Энакину. В отсутствии выполняющего важную миссию Оби-Вана Энакин в одиночку отвечает за охрану Падме. Первоначально они скрываются на Набу, а затем отправляются на Татуин, родную планету Энакина, где он совершает судьбоносное открытие. Чем больше молодые люди узнают друг о друге, и чем ближе они становятся, тем сложнее им становится выбирать между долгом, честью и любовью, на которую они не имеют права...